Председатель  Совета муфтиев России (СМР) и Духовного управления мусульман Российской Федерации (ДУМ РФ)  муфтий шейх Равиль Гайнутдин принял у себя в резиденции профессора, члена Высшей аттестационной комиссии Министерства образования и науки Российской Федерации (ВАК) Айдара Юрьевича Хабутдинова. Профессор А.Ю. Хабутдинов дал ежегодный отчет о своей деятельности в ВАК как представителя СМР. В качестве председателя Экспертного совета Федерального ресурсного центра по развитию исламского и исламоведческого образования при Казанском федеральном университете (ФРЦ РИИО КФУ) А.Ю. Хабутдинов ознакомил муфтия шейха Равиля Гайнутдина с реализацией данной федеральной целевой программы в КФУ. Профессор подарил муфтию первых два тома шести томного научного собрания сочинений классика татарской литературы Аяза Гилязова, чьим научным редактором и составителем является супруга А.Ю  Хабутдинова Милеуша-ханум Хабутдинова. Председатель ДУМ РФ и СМР поблагодарил профессора за активную работу и развитие исламоведческих наук, подготовку учебных пособий, участие как лектора на ежегодных курсах повышения квалификации имамов, проводимых Духовным управлением мусульман Российской Федерации, и выразил надежду на продолжение сотрудничества.

Напомним, на протяжении ряда лет профессор А.Ю. Хабутдинов является одним из основных организаторов научных и образовательных программ, медийных и организационных проектов ДУМ РФ и СМР, Издательского дома «Медина». С 2005 года он является одним из основных организаторов Международных мусульманских форумов на протяжении последних 10 лет. В  2014 г. был председателем программного комитета X Международного мусульманского форума.

В рамках научных программ является заместителем главного редактора серии энциклопедических словарей «Ислам в Российской Федерации» (вышло в свет 6 томов).  В рамках научных и образовательных программ является ответственным редактором ежегодного сборника «Форумы российских мусульман»,   членом редколлегий евразийского журнала  мусульманской общественной мысли  «Минарет Ислама», альманахов  «Ислам в современном мире», «Ислам в СНГ», «Миграция и антропоток  на евразийском пространстве», «Фаизхановские чтения», газет «Медина аль-Ислам» и «Минбар Ислама», сайта IslamRF.Ru, где выходят его аналитические материалы, посвященные истории и современному состоянию мусульманской общины России.

С 2005 г. является автором ряда учебных пособий, в том числе «Суфизм как социальная система в российской умме», «Ислам в Приволжском федеральном округе. Учебный словарь-справочник», «Российские мусульмане и мир Ислама».  Последние учебные пособия: «История Оренбургского Магометанского Духовного Собрания (1788-1917): институты, люди, идеи. (2010),  «Ислам в России в XVIII — начале XXI вв.: модернизация и традиции» (2011);  «Мусульманские духовные лидеры России Нового времени» (2011); «История духовных управлений мусульман России в XVIII-XXI веках» (2012) – последние три совместно с Д.М. Мухетдиновым. В 2013-2014 гг. – председатель ГЭК Московского исламского института. В 2007-2014 гг. – лектор на курсах для имамов России и стран СНГ. В 2014 г. активно участвовал в деятельности ДУМ РФ и СМР по адаптации мусульман Крыма.

Пресс-служба ДУМ РФ