До 1991 года в России действовали немногим более ста мечетей, которыми в рамках советского законодательства о культах руководили духовные управления мусульман, расположенные в Уфе и Махачкале. Демократизация общества создала мусульманам возможность свободно возводить мечети, создавать общины, заниматься исламским просвещением, на принципиально новых началах строить отношения с органами власти. Все это, в свою очередь, потребовало создания на местах Духовных управлений мусульман (ДУМ), возглавивших возрождение ислама в каждом конкретном регионе. Жизнь показала, что ряд важных вопросов региональные Духовные управления мусульман могут решать только сообща, объединив усилия. Совместные поиски привели к образованию в 1996 году Совета муфтиев России (СМР). Его создание не означало потерю ДУМ своей автономности, самостоятельности в решении многих вопросов. Совет муфтиев России создан, как сказано в его Уставе, «с целью совместного решения наиболее крупных и касающихся всего мусульманского сообщества России проблем» и «выработки единой позиции входящих в его состав организаций в отношении с органами центральной и местной государственной власти, с организациями, представляющими другие конфессии, с международными и зарубежными организациями». Совет муфтиев России возглавляется Председателем. Председатели региональных ДУМ, входящих в СМР являются сопредседателями Совета муфтиев России. Совет муфтиев России представлен в Совете по взаимодействию с религиозными организациями при Президенте РФ, в Комиссии по связям с региональными объединениями и в Совете по хаджу при Правительстве РФ.