Важное место в своей повседневной деятельности Московский муфтият отводит развитию межрелигиозных отношений, выделяя в качестве приоритетных углубление мусульмано-христианского диалога и поддержание мусульмано-иудейских связей и сложившихся отношений с другими традиционными религиями и конфессиями. В последние годы вошли в нормальную практику регулярные встречи главы Московского муфтията и Совета муфтиев России шейха Р. Гайнутдина с Патриархом Московским и Всея Руси Алексием II, Председателем Отдела внешних церковных сношений (ОВЦС) Московского Патриархата Митрополитом Кириллом, складывается тесное сотрудничество между Отделом науки и связей с госслужбами РФ ДУМЕР и Сектором межконфессиональных связей, Секретариатом по взаимоотношениям церкви и общества ОВЦС РПЦ, а также Высшим исламским духовным колледжем и Отделом по религиозному образованию и катехизации Московской Патриархии. Руководство Московского муфтията, понимая, что ислам и христианство являются двумя главными духовными слагаемыми современного российского общества, а также осознавая всю меру ответственности за нравственное здоровье народов России, стремится всеми возможными средствами поддерживать межрелигиозный мир и сотрудничество с русской православной церковью и другими христианскими религиозными организациями страны. В фетве от 9.03.97г. муфтий Р. Гайнутдин, исходя из признания многорелигиозного характера российского общества и особой специфики взаимодействия монотеистических религиозных традиций, с минбара Московской Cоборной мечети произнес: "...Последователей трех мировых религий - ислама, христианства и иудаизма гораздо большее объединяет, чем разъединяет. Ислам считает иудаизм и христианство родственными религиями, запрещающая своим последователям обвинять иудеев и христиан в неверии. Неверными по исламу являются лишь язычники". В последние годы Московский муфтият стал организатором ряда важных встреч и переговоров с Главным Раввином России А. Шаевичем, известным переводчиком Талмуда на русский язык Рав Адином Штейнзальцем, Президентом Российского Еврейского Конгресса В. Гусинским, Апостольским Администратором для католиков латинского обряда архиепископом Г. Кандрусевичем, Председателем Традиционной буддистской Сангхи России Хамбо-Лама Аюшеевым. Именно эти регулярные контакты глав наиболее крупных и влиятельных религиозных организаций России, откровенное и заинтересованное обсуждение роли и места традиционных религий в российском обществе, подготовили почву для консолидации усилий в принятии нового Федерального Закона "О свободе совести и о религиозных объединениях" и создания Межрелигиозного Совета (утвержден на I-ом заседании Совета 23.12.1998г.), являющегося первым в истории России негосударственным органом, обеспечивающим постоянное межрелигиозное сотрудничество. Одной из главных задач Межрелигиозного Совета станет координация усилий традиционных религий нашей страны - христианства, ислама, иудаизма и буддизма по духовному возрождению российского общества. Достигнута принципиальная договоренность о созыве миротворческого форума традиционных религий России и организации тесного межрелигиозного взаимодействия в связи с празднованием 2000-летия со дня рождения Иисуса (Исы) и начала третьего тысячелетия.